Die neue, zeitlose Inneneinrichtung ist dem Stil der Hundertwasser-Architektur treu geblieben – farbenfrohe Patchwork-Möbel, grüner Kunstrasen, eine Designeinrichtung die viele Gäste in das Arthotel locken soll. 41 Zimmer (zwischen 18 und 41 Quadratmeter), teilweise mit Balkonen oder Terrassen und einem ausgefeilten Lichtdesign, laden zum Bleiben ein. Jedes Zimmer verfügt über ein persönlich von Hundertwasser geplantes Badezimmer. Das Frühstück gibt es direkt auf das Zimmer geliefert.
Zentral gelegen, in unmittelbarer Nähe zum Domplatz und zur Innenstadt, bietet die Grüne Zitadelle zudem zwei Innenhöfe mit bepflanzten Nischen und einem Brunnen.