Pfalzgraf Otto V. von Wittelsbach (alte Zählung IV.) gründete im Jahre 1120 das Chorherrenstift. Indersdorf ist nach Scheyern und Ensdorf das dritte Hauskloster der Wittelsbacher. Der dreißigjährige Krieg brachte Plünderungen, Pest und große Verluste, von denen sich das Stift nicht mehr erholte. 1783 wurde das Stift aufgehoben und der reiche Besitz dem Liebfrauenstift in München übergeben. 1803 wurde es mit diesem säkularisiert.